山东外贸职业学院内设机构共30个。
一、党政管理机构12个，分别为：办公室、组织人事处（教师发展中心）、宣传统战部、学生工作处（安全保卫办公室、就业创业中心）、教务处、科研与发展规划处（特色高水平高职院校建设办公室）、财务审计处、国有资产管理处（基建办公室）、招生办公室（校企合作办公室）、国际交流合作处、后勤服务处、离退休干部处。
二、教学机构13个，分别为：国际贸易系、财会金融系、商务外语系、经济管理系、信息工程系、国际运输与物流系、跨境电子商务系、泰安教学部、公共英语部、基础教学部、马克思主义学院、国际官员研修学院、继续教育学院（培训中心）。
三、科研机构2个，分别为：国际经济贸易研究所、跨境电商工程技术研发中心。
四、教辅机构3个，分别为：信息技术中心、实训中心、图书馆。
五、纪检监察机构按有关规定设置。
